2021.03.29 更新

正當高中生大木大樹跟暗戀五年的對象小川槓告白的時候，世界上所有人被不明光線石化，變成石頭。3700年後，人類文明逐漸衰退。大樹重獲自由，他遇見了比自己早六個月醒來的好友千空，千空立志用自己的科學知識在這個「石器時代」中重建文明，他和大樹利用蝙蝠糞便和葡萄酒造出能讓石頭人復活的硝太蝕劑（復活液），在兩人遭獅群包圍時，他們復活了武術高強的獅子王司，而他也殺死了獅子。之後千空透過貝殼內的碳酸鈣製備氫氧化鈣，混合海藻中的碳酸鈉製成了肥皂，在生病等同死亡的石之世界裡，保持清潔等同保命，因此肥皂就是「Dr.Stone」。
雖然司起初和兩人保持友善，但他主張不應復活腐敗的成人，而千空的目標是復活每一個人，因此司展露出敵意。在復活槓之後，千空、大樹和槓前往箱根製備火藥，作為與司抗衡的底牌。由於槓被司挾持並當成人質，千空只好說出復活液的配方，之後被司打斷後頸，而司則被火藥逼退。這些爆炸也讓在當地周遭的其他人升起了狼煙。超厲害喔耶我整個嗨翻喔
空和其他女人有了後宮，大樹去司陣營當間諜非常棒雖然過程中一直被遭到質疑但是司為了創造強大帝國阻止千空所以決定要先利用他但顯然千空並沒有那麼乖他很壞