2022.04.19 更新

大海中一隻小金魚趁著爸爸不注意偷偷離開家，跟著水母浮到海面來到的世界，卻不小心卡在海洋垃圾裡的玻璃罐內，這時救了她的是一個小男孩「宗介」。宗介將金魚救出後把她取名為「波妞」，並決心要保護她。
帶著波妞去上課也帶去照顧老人們的地方給老人們看他撿到的魚，最後一個看到老人直說這魚有人面會帶來不好的徵兆，他趕緊帶著波妞遠離那裡。波妞爸爸發現孩子不見一個立馬上海面派屬下（海）去找出孩子並要從宗介手上抓回來。被爸爸抓到的波妞努力把自己變身成人類回到陸地上找宗介，而宗介也在擔心波妞還會不會回到他身邊。喜歡上宗介的波妞，開始想要變成人類。
波妞的妹妹們助陣帶姐姐去陸地，波妞也剛好半路遇到宗介正在回家的路上，馬上沖去順便帶回被風吹掉的水桶，擁抱宗介表示我回來了我是波妞。
帶著被雨淋濕的身體進到屋內，再來後面這橋段是我永生以來記住的畫面，是“家裡沒電了波妞用魔法打開發電機，宗介媽媽煮了熱麥片、泡麵給這兩個小孩填飽肚子。”這畫面很溫馨、溫暖，有家的樣子。
波妞媽媽見船隻發不動，用魔法使船隻能夠發動，這會兒波妞爸爸告訴波妞媽媽女兒想變成人類去找宗介，波妞媽媽說就讓她去吧！
波妞爸爸和波妞媽媽在水中用一個有可以呼吸空氣的花園，順便把老人們的腳給治好了！
等著波妞和宗介的到來，隔天一早，波妞把宗介的玩具船變大，坐上小船穿越大風浪過後水位上升，去老人中心找宗介媽媽，就在去的路上遇到一對夫妻有著剛出生的小嬰兒肚子餓需要食物波妞和宗介就送給他們宗介媽媽早已準備好的三明治，原本是給宗介和波妞在路上肚子餓可以墊肚子，再來又遇到n艘船上面有很多人，那些人告訴宗介媽媽的去向，宗介和波妞再往前開到了一個公園，看到宗介媽媽的車，但沒見媽媽身影哭了起來，波妞前來安慰並說著繼續走說不定會看到！波妞和宗介走到一個隧道入口，宗介牽著害怕的波妞往前走，走沒多久波妞因為太困身體慢慢變小，宗介發現及時抱波妞跑出去有水地方泡，用著水桶裝，邊喊著波妞你別睡，這時波妞爸爸來帶波妞和宗介到水里見大家平安無事的在公園迎接他們，波妞在媽媽的詢問下說你是否願意跟人類一樣的身軀，即使宗介不喜歡，就要化為泡沫，隨海四處漂流？波妞回：我願意！而宗介在面對波妞媽媽考驗下說不管是魚、半人魚或人類，我都喜歡波妞。波妞媽媽放心的離開，波妞爸爸跟宗介說我女兒就拜託你了，說完轉眼看宗介爸爸出海回家了，波妞和宗介在開心的場合下，本是變成金魚的波妞在從水桶里跳起來，親宗介後變成了人類。故事就這樣結束了，不過在我看來我覺得一個地方很奇怪，就是有一段波妞媽媽不是有問女兒說你是否願意跟人類一樣的身軀，即使宗介不喜歡，就要化為泡沫，隨海四處漂流？波妞回：我願意！看到這裡這怎麼看就是覺得像在美人魚童話故事里才有的情節，可是怎麼在這部動畫電影就用到這種的情節，讓我有這麼一個疑點、疑惑在這？不過這就是宮崎駿寫的動畫電影，讓我們有了這麼一個可愛童年回憶。